Al in het jaar 1365 was er in de Zeeuwse hoofdstad een zogenaamde ‘Grote Scole der stede van Middelburch’. Er werd onder andere Latijn onderwezen. Deze school ging in 1574 op in de Latijnse School en kan worden aangemerkt als de oervorm van het Middelburgse gymnasium. In het jaar 1842 ontstond het Stedelijk Gymnasium, dat in 1879 de onderwijsvorm kreeg die het tot 1969 behield.
Na de invoering van de Mammoetwet werden in 1969 de toenmalige Gemeentelijke mavo (mulo), de Rijkshavo-atheneum (hbs) en het Stedelijk Gymnasium samengevoegd tot de Stedelijke Scholengemeenschap. Eind 1977 verlieten de gymnasiasten definitief hun eeuwenoude leslokalen aan de Latijnse schoolstraat. Zij vertrokken samen met de leerlingen van de Dwarskaai (MAVO) en de Sint Pieterstraat (havo-vwo) naar het nieuwe gebouw van de Stedelijke Scholengemeenschap Middelburg aan de Churchilllaan.
Archief
Het archief van de school uit de periode vóór 1879 is helaas in 1940 verloren gegaan.
Tijdens de landelijke fusiegolf in 1996 fuseerden de Stedelijke Scholengemeenschap Middelburg en De Wellinge. Op 10 september 1996 tekenden de beide besturen een intentieverklaring en in december van datzelfde jaar verhuisden de brugklassen naar de Churchill-laan, daarmee de St. Pieterstraat als brugklasgebouw vrijspelend. Deze brede scholengemeenschap met de afdelingen vmbo, mavo, havo, atheneum en gymnasium kreeg toen de huidige naam: Nehalennia Stedelijke Scholengemeenschap Middelburg. Inmiddels zijn we weer een fusie verder, sinds 2012 vormen Nehalennia SSG en Het Scheldemond College in Vlissingen de Mondia Scholengroep. Het gaat hier om een bestuurlijke fusie waardoor het karakter van beide scholen onveranderd blijft.